Το ον ως ύπαρξη ορίζεται ως αυτό που «είναι» και έχει μια γενική φύση που παρουσιάζεται η ίδια σ’ όλα τα ξεχωριστά όντα. Το ον ως ύπαρξη σημαίνει επίσης «πραγματικότητα» και συνεπώς η οντολογία μπορεί να εξεταστεί και ως η μελέτη της πραγματικότητας. Η έννοια του όντος θεωρείται γενικά ως «καθεαυτό», αφού δεν μπορεί να εξεταστεί στο πλαίσιο μιας περιορισμένης σχέσης ή υπό το πρίσμα μιας ιδιαίτερης άποψης.
Κατά τον αριστοτελικό ορισμό είναι η επιστήμη του όντος καθεαυτό, δηλαδή της πραγματικότητας θεωρούμενης στην ολότητά της και όχι σε μερικές ιδιαίτερες περιοχές, όπως είναι το Εγώ ή ο κόσμος ή ο θεός. Από την άλλη πλευρά όμως, από τη στιγμή που η οντολογία ασχολείται με την ανθρώπινη εμπειρία, είναι μια θεωρία πολύ λιγότερο απόλυτη, καθαρή και αυτάρκης σε σχέση με τη μεταφυσική.
Τα βασικά ερωτήματα της οντολογίας είναι αυτά που αφορούν την ύπαρξη. Δηλαδή τι είναι η ύπαρξη και τι σημαίνει υπάρχω, τι είναι φυσικό αντικείμενο και πόσοι τύποι φυσικών αντικειμένων υπάρχουν, τι σημαίνει ιδιότητα του όντος και σχέσεις της ύπαρξης με τα υπόλοιπα όντα, πότε σταματά η ύπαρξη και τι είναι το «γίγνεσθαι», τι είναι ο θάνατος και πότε ένα ον πεθαίνει, δηλαδή τα ερωτήματα που θέτει η οντολογία αφορούν το σύνολο της ύπαρξης και το φαινόμενο της ζωής. Βασικό πρόβλημα που απασχόλησε την οντολογία είναι ο ορισμός του φυσικού αντικειμένου.
Σε γενικές γραμμές δόθηκαν δύο απαντήσεις: η πρώτη λέει ότι το φυσικό αντικείμενο ορίζεται ως η ουσία του αντικειμένου αυτού, ανεξάρτητα από τις ιδιότητες που το διέπουν και η δεύτερη ισχυρίζεται ότι είναι το σύνολο των ιδιοτήτων που το χαρακτηρίζουν. Έτσι, για πολλούς φιλοσόφους που ασχολήθηκαν με την οντολογία, το πρόβλημα του όντος μετατράπηκε στην αναζήτηση της ουσίας του. Η οντολογία, όπως και η φιλοσοφία γενικότερα, γεννήθηκε στην αρχαία Ελλάδα.
Στον Αριστοτέλη η θεώρηση του όντος συνδέεται με τη θεώρηση του ύψιστου όντος, του θεού. Ο Αριστοτέλης μίλησε για το «όντως ον», δηλαδή για την ύπαρξη με έμφαση στο γεγονός ότι «υπάρχει» και συνέχισε αναλύοντας τις κατηγορίες της ύπαρξης, τα είδη δηλαδή του όντος και τους τρόπους με τους οποίους φαίνονται. Στον Αριστοτέλη, η θεώρηση του οντολογικού προβλήματος συμπίπτει μεθοδολογικά με την εξέταση του θεολογικού ζητήματος, χαρακτηρίζοντας την «πρώτη φιλοσοφία» του (αυτή που ασχολείται δηλαδή με τις γενικές αρχές και τις πρώτες αιτίες), που αργότερα ονομάστηκε μεταφυσική .
Οι διάδοχοι του Αριστοτέλη στην αρχαιότητα αλλά και στη σύγχρονη εποχή, αναζήτησαν απαντήσεις σε όλα τα οντολογικά προβλήματα. Ο Καρτέσιος συνέδεσε την ύπαρξη με τη σκέψη, με το πασίγνωστο «σκέπτομαι, άρα υπάρχω». Η οντολογία σχετίστηκε με την ύπαρξη του Θεού και κάποιες οντολογικές αναλύσεις χρησιμοποιήθηκαν για να αποδείξουν την ύπαρξή του. Πάντως ο όρος «οντολογία» εμφανίστηκε για πρώτη φορά στις αρχές του 17ου αι. από τον Κρίστιαν Βολφ.
Ο Καντ απέρριψε την οντολογία θεωρώντας ότι υπερβαίνει τα όρια της ανθρώπινης γνώσης και υπό την επιρροή του η γερμανική ιδεαλιστική σχολή την έθεσε στο περιθώριο. Ο όρος χρησιμοποιήθηκε ξανά στη φιλοσοφία από τον ιδρυτή της φαινομενολογίας Έντ. Χούσερλ, που διέκρινε την οντολογία σε υλική (που μελετά μια συγκεκριμένη περιοχή του όντος και το πρόβλημα της υλικής σύστασης των όντων σε αυτήν την περιοχή) και σε μορφική (που περιλαμβάνει ταυτόχρονα όλες τις δυνατές οντολογίες). Ο Χούσερλ ουσιαστικά επανέρχεται στο πρόβλημα της κατηγορίας του όντος με την υλική οντολογία και στο πρόβλημα της ουσίας του όντος με τη μορφική οντολογία του.
Με την οντολογία ασχολήθηκαν στον 20ό αι. ο Χάιντεγκερ με το έργο του «Είναι και χρόνος» και ο Σαρτρ με το έργο του «Το Είναι και το Μηδέν: δοκίμιο φαινομενολογικής οντολογίας»). Ειδικά ο Σαρτρ με τον όρο φαινομενολογική οντολογία εννοεί τη φιλοσοφία εκείνη που θέλει να αποδείξει ότι το Είναι, δηλαδή το Ον, είναι αυτό που υπάρχει στην εξωτερική πραγματικότητα που μας περιτριγυρίζει. Αντίθετα, ο Χάιντεγκερ συνέδεσε το Είναι με το Χρόνο και γι’ αυτό επιθυμούσε να ονομάσει την οντολογία του Οντοχρονία . Πράγματι, γι’ αυτόν, ο Χρόνος είναι ο ορίζοντας μέσα στον οποίο αποσαφηνίζεται το Είναι της ύπαρξης.
