Κατά τον Ησίοδο (Θεογονία 276-282), ο Πήγασος ήταν καρπός της ένωσης του Ποσειδώνα με τη Γοργώ Μέδουσα και ξεπήδησε από τον λαιμό της όταν την αποκεφάλισε ο Περσέας με τη συνδρομή της Αθηνάς. Κατά μια άλλη μαρτυρία, ο Πήγασος γεννήθηκε από το αίμα που έπεσε στη θάλασσα. Τότε ο Περσέας ιππεύοντας αυτόν κατάφερε να διαφύγει τη καταδίωξη των άλλων δύο γοργόνων, αδελφών της Μέδουσας ή, με την πιο συνηθισμένη μορφή του μύθου, με τα φτερωτά σανδάλια του.
Γόνος, λοιπόν, του θεού των υδάτων ο Πήγασος, επόμενο ήταν και το όνομά του να παραπέμπει στο υγρό στοιχείο, στην πηγή, αφού μάλιστα γεννήθηκε κοντά στις πηγές του Ωκεανού, του μυθικού ποταμού που περιβάλλει τον κόσμο (Θεογονία 281-283).
Ένας άλλος μύθος παραδίδει πως η Iπποκρήνη, μια πηγή στην κορυφή του Eλικώνα της Bοιωτίας από την οποία αντλούσαν οι Eλικωνιάδες Nύμφες την έμπνευσή τους, ανέβλυσε όταν ο Πήγασος χτύπησε με την οπλή του τον βράχο. Όταν οι Μούσες διαγωνίζονταν κάποτε στο τραγούδι με τις κόρες του Πιέρου, στον ποταμό Ελικώνα, μόλις άρχισαν το τραγούδι οι Πιέριες κόρες όλα είχαν σκοτεινιάσει. Αμέσως μετά, όταν ήλθε η σειρά των Μουσών, όλα φαίνονταν σαν να σταμάτησαν, ο Ουρανός, η Θάλασσα, τα ποτάμια, για να ακούσουν τους εξαίσιους ύμνους, ο δε Ελικώνας άρχιζε να υψώνει τη κορυφή του προς τον ουρανό από χαρά και υπερηφάνεια μέχρι που τον σταμάτησε ο φτερωτός Πήγασος, με διαταγή του Ποσειδώνα, λακτίζοντας τον με τις οπλές του. Από το λάκτισμα αυτό γεννήθηκε η πηγή του Ελικώνα, της οποίας τα νερά ενέπνεαν τις Μούσες, η καλούμενη και Ιπποκρήνη.
Kι άλλες πηγές, σύμφωνα με τις αρχαίες μαρτυρίες, ανέβλυσαν χάρη στο χτύπημα της οπλής του Πήγασου.
Σύμφωνα με τη μυθολογική παράδοση που επικρατούσε στη Κόρινθο ο Πήγασος ήταν κατ΄ εξοχήν Κορινθία θεότητα, για τον οποίο είχαν κοπεί και νομίσματα με τη παράστασή του. Λέγονταν ότι μόλις ο Πήγασος ξεπήδησε από τη Μέδουσα, πέταξε στην Ακροκόρινθο και ξεδίψασε στα νερά της Πειρήνης πηγής εξ ού και "Πειρήνιος πώλος" το από τότε όνομά του. Στη συνέχεια οι παραδόσεις των Κορινθίων συσχετίζουν τον Πήγασο με τη παράδοση του Βελεροφόντη και της Χίμαιρας.
Εκεί, κοντά στην Κρήνη Πειρήνη, μια πηγή πλούσια σε νερά ακόμα και σήμερα, παραμόνεψε ο ήρωας Bελλεροφόντης το θεϊκό άλογο, κι όταν εκείνο πλησίασε να πιει νερό, το δάμασε περνώντας του - με την καθοδήγηση και συμπαράσταση της Αθηνάς - στο στόμα το χρυσό χαλινάρι, δώρο της ίδιας της θεάς των τεχνών (Πίνδ. O. XIII, 65. 78). Ο Bελλεροφόντης πραγματοποίησε πολλούς άθλους καβάλα στον Πήγασο. Ξεχωρίζει όμως, η εξόντωση της Xίμαιρας, ενός τέρατος με σώμα λιονταριού, κεφαλή τράγου στη ράχη του και μια έχιδνα στη θέση της ουράς, που έσπερνε τον όλεθρο, κατακαίγοντας τα πάντα με τη φωτιά που ξερνούσε απ' το στόμα του. Δεν είχε, ωστόσο, παρά τα ανδραγαθήματά του, καλό τέλος ο Bελλεροφόντης. Μεθυσμένος από τους αλλεπάλληλους άθλους του, πίστεψε πως θα μπορούσε να φτάσει και στον Όλυμπο ακόμη, την κατοικία των θεών. Ο Δίας, ενοχλημένος από την ύβρι, πρόσταξε ένα έντομο και κέντρισε τον Πήγασο, οπότε αυτός αφηνίασε και πέταξε κάτω στη Γη τον αναβάτη του. Ο Πήγασος συνέχισε την πτήση του προς τον Όλυμπο, όπου έμεινε στην υπηρεσία του Δία, ως φύλακας και φορέας των συμβόλων του, κεραυνού και αστραπής, από το εργαστήριο του Ηφαίστου στον Όλυμπο. (Θεογονία 281-286, Απολλόδωρος ΙΙ 3, 4).
Σε μεταγενέστερους μύθους ο Πήγασος αναφέρεται και ως άλογο της Ηούς στην οποία της τον πρόσφερε ως δώρο ο Δίας για να σέρνει το άρμα της.
Σε ακόμη μεταγενέστερους χρόνους ο Πήγασος θεωρήθηκε ως άλογο των Μουσών που ιππεύουν οι ποιητές και πετούν μαζί του ψηλά στο καλλιτεχνικό στερέωμα.
Τελικά οι θεοί πρόσφεραν στον Πήγασο μια αιώνια θέση στον ουρανό δημιουργώντας τον Αστερισμό του Πήγασου.
Τον 4ο αι. π.κ.χ. ο Eύδοξος, μαθητής του Πλάτωνα και εκπρόσωπος της πεποίθησης ότι η γη είναι σφαιρική, αναφέρεται για πρώτη φορά στον αστερισμό του «ιερού ίππου». Από τότε ο αστερισμός του Πήγασου μνημονεύεται μαζί με τα άλλα ουράνια σώματα από τον Άρατο (315-240 π.κ.χ.) στο έργο του Φαινόμενα, καθώς και από τον αστρονόμο Ίππαρχο (2ος αι. π.κ.χ.).
