Η διαδεδομένη άποψη στις μέρες μας είναι ότι ο μονοθεϊσμός είναι πιο μισαλλόδοξος από τον πολυθεϊσμό εξαιτίας της "φύσης" του. Ότι δηλαδή ο πολυθεϊσμός επιτρέπει τη λατρεία πολλών όντων και δεν απαιτεί έτσι την αποκλειστικότητα. Ιστορικώς κάτι τέτοιο δεν φαίνεται να ισχύει τόσο πολύ όσο εκ πρώτης όψεως φαίνεται. Αλλά ούτε η λογική θεμελίωση της άποψης αυτής είναι τόσο σταθερή.
porta aurea
Συγκεκριμένα, είναι άλλο πράγμα η πολλότητα των θεϊκών όντων και άλλο πράγμα η δυνατότητα απόρριψης ενός από αυτά χάριν της λατρείας ενός άλλου από αυτά. Πράγματι τέτοια δυνατότητα δεν υπήρχε τουλάχιστον στον ελληνορρωμαϊκό πολυθεϊσμό. Αφενός στην κλασσική εποχή ο Έλληνας της πόλης-κράτους έπρεπε υποχρεωτικά να λατρεύει τον πολιούχο θεό/θεά αφετέρου στην αυτοκρατορική εποχή οι υπήκοοι της Ρώμης έπρεπε να λατρεύουν τον αυτοκράτορα. Χαρακτηριστικό είναι ότι οι διωκόμενοι χριστιανοί αποκαλούνταν από τους εθνικούς "άθεοι", παρ' όλο που λάτρευαν κάποιον (ένα) θεό, διότι δεν λάτρευαν τους υπόλοιπους. Η άρνηση λατρείας των (ν-1) θεών χάριν του ενός, συνιστούσε αδίκημα σε μια πολυθεϊστική κοινωνία. Δεν μπορεί να γίνεται λόγος για ανεξιθρησκία εξαιτίας της ύπαρξης, αυτής καθεαυτής, πολλών θεών.
Επιπλέον τα ιστορικά παραδείγματα δεν επαρκούν για την τεκμηρίωση της άποψης ότι, αν και δεν εμφανίστηκε η μισαλλοδοξία με τον μονοθεϊσμό, κλιμακώθηκε εξαιτίας του. Η σύγκριση που γίνεται είναι μεταξύ των πόλεων-κρατών, τα οποία ήταν πολύ μικρά σε μέγεθος, και των χριστιανικών (ή ισλαμικών) κρατών και αυτοκρατοριών του Μεσαίωνα, τα οποία ήταν τεράστια συγκριτικά με τις πόλεις-κράτη. Τέτοια σύγκριση είναι δυσανάλογη, δηλαδή είναι αναμενόμενο ο αριθμός διωχθέντων λόγω θρησκευτικής μισαλλοδοξίας σε μια αυτοκρατορία να είναι πολλαπλάσιος του αριθμού σε μία υποπολλαπλάσια πόλη-κράτος, ωστόσο πρέπει να σταθεί κανείς στον μεγάλο αριθμό διωχθέντων φιλοσόφων σε μία μόνο αρχαία πόλη. Όπως η μονοθεϊστική κοινωνία λατρεύει και θεωρεί ότι ανήκει στο θεό της, παρομοίως η πόλη-κράτος λατρεύει και θεωρεί ότι ανήκει στους θεούς της και η αυτοκρατορία λατρεύει και ανήκει στον αυτοκράτορά της και τους επίσημους θεούς. Δεν μπορεί επιπλέον να σταθεί η άποψη για προσαρμοστικότητα του πολυθεϊσμού σε αντίθεση με την μη προσαρμοστικότητα του μονοθεϊσμού, επειδή η πρώτη δεν υπάρχει. Είναι γνωστό ότι τα λατρευτικά πρακτικά απαγορευόταν να αλλάζουν στις πολυθεϊστικές θρησκείες. Η μόνη επιλογή για τον διαφωνούντα ήταν η εξορία και ο υποβιβασμός, σε μια άλλη πόλη-κράτος (η οποία επίσης ήταν θρησκευτικώς μη ανεκτική με τους πολίτες της, αλλά και με τους μέτοικους: βλ. Αναξαγόρας, Διαγόρας Μήλιος), στο επίπεδο του χωρίς πολιτικά δικαιώματα μέτοικου.
Η ανοχή του πολυθεϊσμού, αν μπορεί να χρησιμοποιηθεί η λέξη αυτή, δεν έγκειται λοιπόν στην ανεκτικότητα προς όσους δεν λάτρευαν τους επίσημους/κρατικούς θεούς ή προς όσους λάτρευαν μη επίσημα αποδεκτούς θεούς (τέτοια ανεκτικότητα δεν υπάρχει σε αυτόν), αλλά στην δυνατότητα εισαγωγής νέων θεοτήτων σε ένα πάνθεο, οι οποίες αντιστοιχούν σε νέες ή μη ακόμη εξουσιαζόμενες από κάποια θεότητα όψεις της πραγματικότητας ή σε όψεις της πραγματικότητας που ήδη εξουσιάζονται από μία παλαιά θεότητα. Στην τελευταία περίπτωση υπάρχει ανατροπή της παλαιάς θεότητας υπέρ της νέας θεότητας, με ό,τι αυτό μπορεί να σημαίνει για την συνέχεια της λατρείας της. Με άλλα λόγια, συνεχίζει να διατηρείται ένα πάνθεο, στο οποίο μπαινοβγαίνουν νέες και παλιές θεότητες, πάντως δεν υπάρχει η δυνατότητα η νέα θεότητα να συνυπάρχει με την παλαιά στον ίδιο χώρο δικαιοδοσίας της - εκτός κι αν ταυτίζονταν μεταξύ τους. Από την άλλη υπάρχει η ταύτιση θεοτήτων μιας περιοχής με θεότητες άλλων περιοχών, ωστόσο η τάση αυτή μετριαζόταν αφενός από την τάση οι θεότητες να θεωρούνται μοναδικές (π.χ. άλλη η Αθηνά της Σπάρτης και της Αθήνας), αφετέρου από την μεγάλη ασάφεια αναφορικά με την ακριβή αντιστοίχηση της μιας θεότητας προς την άλλην. Τέλος η παραπάνω λεγόμενη ανοχή αφορά θεότητες μόνο και όχι θρησκείες. Δηλαδή ο πολυθεϊσμός αναπαράγει τον εαυτό του (απορροφώντας νέες θεότητες από ξένα πάνθεα), επεκτείνει την βασική του ιδέα, και δεν ανέχεται το πραγματικά διαφορετικό, τον μονοθεϊσμό, πράγμα το οποίο φανερώνει και ο χαρακτηρισμός "άθεοι", ο οποίος προαναφέρθηκε.
Αν στον μονοθεϊσμό η μισαλλοδοξία έγκειται στην δίωξη της απιστίας, της αυθαίρετης εισαγωγής άλλου ή δεύτερου θεού στο κράτος και της αλλαγής δογμάτων, στον πολυθεϊσμό διώκεται η απιστία, η αυθαίρετη εισαγωγή άλλων θεοτήτων και η αλλαγή τελετουργικού. Η μεγαλύτερη ή μάλλον η ουσιαστική διαφορά στις δύο μισαλλοδοξίες έγκειται λοιπόν ότι στη μία υπάρχει δίωξη λόγω διαφορετικών δογμάτων ενώ στην άλλη δίωξη λόγω διαφορετικής λατρείας και τελετουργικού. Όμως δεν υπάρχει μεγάλη διαφορά στην πράξη μεταξύ της απαίτησης για τήρηση των (φιλοσοφικών/θρησκευτικών/μεταφυσικών) δογμάτων και της απαίτησης για τήρηση των λατρευτικών δογμάτων του τυπικού, των θυσιών, των "ιδρυμάτων" των θεών. Δεν προαπαιτείται διόλου η ύπαρξη φιλοσοφικού δόγματος για την εκδικητική τιμωρία εκ μέρους της πολιτείας. Αν συνυπολογιστεί ότι η λατρεία στον πολυθεϊσμό βασιζόταν στην αρχή du ut des (σου δίνω για να μου δώσεις) και ότι στον πολυθεϊσμό επικρατούσε η πίστη πως η θεότητα εξευμενίζεται ή εξαναγκάζεται να βοηθήσει υπό την πίεση μόνο ορισμένων τελετουργικών τα οποία έπρεπε να είναι απαράλλακτα, τότε η ανυπαρξία δογμάτων στον πολυθεϊσμό λίγη σημασία έχει αναφορικά με την έλλειψη μισαλλοδοξίας. Μάλιστα μπορεί να υποτεθεί, ότι η άγραφη εξουσία, οι άγραφοι κανόνες, ήταν περισσότερο απρόβλεπτοι από τους συγκεκριμένους κανόνες συνόδων, όπως φανερώνει το παράδειγμα της τιμωρίας ενός Αθηναίου επειδή λάτρευσε με έναν τρόπο, ο οποίος εκ των υστέρων χαρακτηρίστηκε ασεβής από την πόλη του.